对祈之谜的个人猜想——By京极夏彦

从祈的一些行为来看，本人感觉到，祈的身份可能是个人造人。与集一同生活过的那位青梅竹马可能由于以下两个原因而离开了集：1）出了事故；2）患上先天性的会导致死亡的疾病。（集知道了后对自己的无力感到痛苦，因此封尘记忆）为了让青梅竹马能够活下去，茎道修一郎（个人认为可能是青梅竹马的父亲）——虚空研究所所长——用青梅竹马的基因复制出了祈，并尝试将灵魂赋予下去。就结果而言是成功的，可惜灵魂却处于沉睡状态，为了让其觉醒，茎道修一郎接着研究出了“虚空基因组”出来，也就是“王的能力”，利用此能力直接接触基因并进行刺激和沟通，好让她醒来。
祈作为人造人，虽说成功植入了灵魂，但是还是对感情表达缺乏知识，从而让人觉得她待人冷淡。然后由于某些计划或者事故祈逃出了研究院，经历了一些变故（某些不好的故事）并被涯所救。在两人的旅程中逐渐接受涯并受其影响（葬仪社的思想教育= =），感情开始逐渐成长，尽管还是那么冷淡。在此段时间，研究院一直在对祈进行跟踪和收集资料。
而至于集为何那么爱慕憧憬祈，其理由我归结于集从祈身上感受到了青梅竹马的气息，感受到了青梅竹马的存在。而集和祈的相遇，我也归结于祈身体内的灵魂（青梅竹马）在潜意识上让祈走去集的工作坊（相遇的那个废弃地）。
至于最后集获得“王的能力”这个，就是必然的了...
还有，对祈的虚空个人认为这除了有涯的不良洗脑教育外，青梅竹马对集的爱也是其原因。为了所爱之人，愿化己身为剑，侍奉并守护终身。感觉上每次集使用祈的时候，祈会诱导出集的想法，然后给予其力量，让集逐渐成长为王。然后在这过程当中，青梅竹马会以影像现身，这也符合了研究院的剧本和目的。
在第6话虚空研究所里所长茎道修一郎和那个少年的对话给了我进行这样猜想的一些方向，少年说道：“她也快要醒来了吧...去找寻属于可爱的她的‘王’...”
还有一个大胆猜测，集的母亲春夏，知道此事并从中协助。


以上仅为动画党的本人的一些想法，错了还请手下留情...    

我觉得这样的猜测相当有道理
看动画猜剧情就是要大胆的猜，而且LZ所说的这种可能性我个人感觉是很高的

很有意思的猜想，基于楼主的猜想，我认为亲梅竹马的设定可以改一下，其实，祈有可能只是一个“实验样品”，后来实验失败了，祈就被遗弃了。集和祈是在实验室认识的。而祈被遗弃后是涯救了她。

所有的臆测都会被编剧给狠狠的扇耳光
就像我脑内YY臆测回转企鹅罐最后被几原这个老家伙在20集狠狠的扇了个打耳光